home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacWorld 1999 January - Disc 2 / Macworld (1999-01) (Disk 2).dmg / Serious Demos / Symbolic Composer 4.2 / Environment / Projects / Testers / RNA Tester < prev    next >
Lisp/Scheme  |  1998-10-26  |  6KB  |  140 lines
  1. #| RNA Tester - This lets you listen human neuronal growth protein GAP-43
  2.  
  3. LOCUS       HUMGAP43A    1231 bp    mRNA            PRI       08-NOV-1994
  4. DEFINITION  Human neuronal growth protein 43 (GAP-43) mRNA, complete cds.
  5. ACCESSION   M25667
  6. KEYWORDS    GAP-43 gene; neuronal growth protein 43.
  7. SOURCE      Human fetal brain, cDNA to mRNA.
  8.   ORGANISM  Homo sapiens
  9.             Eukaryota; Animalia; Chordata; Vertebrata; Mammalia; Theria;
  10.             Eutheria; Primates; Haplorhini; Catarrhini; Hominidae.
  11. REFERENCE   1  (bases 1 to 1231)
  12.   AUTHORS   Kosik,K.S., Orecchio,L.D., Bruns,G.A., Benowitz,L.I.,
  13.             MacDonald,G.P., Cox,D.R. and Neve,R.L.
  14.   TITLE     Human GAP-43: its deduced amino acid sequence and chromosomal
  15.             localization in mouse and human
  16.   JOURNAL   Neuron 1 (2), 127-132 (1988)
  17.   MEDLINE   90166498
  18. COMMENT
  19.             Draft entry and computer-readable sequence for [1] kindly submitted
  20.             by K.S.Kosik, 21-JUN-1989.
  21.  
  22.             NCBI gi: 182969
  23. FEATURES               Location/Qualifiers
  24.      source          1..1231
  25.                      /organism="Homo sapiens"
  26.      CDS             92..808
  27.                      /gene="GAP43"
  28.                      /map="3q21-qter"
  29.                      /note="neuronal growth factor 43;  NCBI gi: 182970"
  30.                      /codon_start=1
  31.                      /gdb_xref="G00-119-972"
  32.                      /translation="MLCCMRRTKQVEKNDDDQKIEQDGIKPEDKAHKAATKIQASFRG
  33.                      HITRKKLKGEKKDDVQAAEAEANKKDEAPVADGVEKKGEGTTTAEAAPATGSKPDEPG
  34.                      KAGETPSEEKKGEGDAATEQAAPQAPASSEEKAGSAETESATKASTDNSPSSKAEDAP
  35.                      AKEEPKQADVPAAVTAAAATTPAAEDAAAKATAQPPTETGESSQAEENIEAVDETKPK
  36.                      ESARQDEGKEEEPEADQEHA"
  37. BASE COUNT      365 a    302 c    320 g    244 t
  38. ORIGIN      Chromosome 3.
  39.         1 gaattccaga aaagaggtgg agaggggggg aataagaaag agagagaagg aaaggagaga
  40.        61 aggcaggaag aaggcaaggg acgagacaac catgctgtgc tgtatgagaa gaaccaaaca
  41.       121 ggttgaaaaa aatgatgacg accaaaagat tgaacaagat ggtatcaaac cagaagataa
  42.       181 agctcataag gccgcaacca aaattcaggc tagcttccgt ggacacataa caaggaaaaa
  43.       241 gctcaaagga gagaagaagg atgatgtcca agctgctgag gctgaagcta ataagaagga
  44.       301 tgaagcccct gttgccgatg gggtggagaa gaagggagaa ggcaccacta ctgccgaagc
  45.       361 agccccagcc actggctcca agcctgatga gcccggcaaa gcaggagaaa ctccttccga
  46.       421 ggagaagaag ggggagggtg atgctgccac agagcaggca gccccccagg ctcctgcatc
  47.       481 ctcagaggag aaggccggct cagctgagac agaaagtgcc actaaagctt ccactgataa
  48.       541 ctcgccgtcc tccaaggctg aagatgcccc agccaaggag gagcctaaac aagccgatgt
  49.       601 gcctgctgct gtcactgctg ctgctgccac cacccctgcc gcagaggatg ctgctgccaa
  50.       661 ggcaacagcc cagcctccaa cggagactgg ggagagcagc caagctgaag agaacataga
  51.       721 agctgtagat gaaaccaaac ctaaggaaag tgcccggcag gacgagggta aagaagagga
  52.       781 acctgaggct gaccaagaac atgcctgaac tctaagaaat ggctttccac atccccaccc
  53.       841 tcccctctcc tgagcctgtc tctccctacc ctcttctcag ctccactctg aagtcccttc
  54.       901 ctgtcctgct cacgtctgtg agtctgtcct ttcccaccca ctagccctct ttctctctgt
  55.       961 gtggcaaaca tttaaaaaaa aaaaaaaaaa gcaggaaaga tcccaagtca aacagtgtgg
  56.      1021 cttaaacatt ttttgtttct tggtgttgtt atggcaagtt tttggtaatg atgattcaat
  57.      1081 cattttggga aattcttgca ctgtatccaa gttatttgat ctggtgcgtg tggccctgtg
  58.      1141 ggagtccact ttcctctctc tctctctctc tgttccaagt gtgtgtgcaa tgttccgttc
  59.      1201 atctgaggag tccaaaatat tgagtgaatt c
  60. //
  61.  
  62. |#
  63.  
  64. (defun open-gene (l)
  65.    (prog (out a elem)
  66.       loop
  67.          (cond ((null l) (return (reversewoc out))))
  68.          (unless (integerp (car l))
  69.            (setq a (explodec (car l)))
  70.            (while (not (null a))
  71.              (setq elem (car a))
  72.              (cond ((equal elem 't)
  73.                     (setq elem 'b))
  74.                    ((equal elem 'g)
  75.                     (setq elem 'd)))
  76.              (setq out (xcons out elem))
  77.              (setq a (cdr a))))
  78.          (setq l (cdr l))
  79.          (go loop)))
  80.  
  81. (setq pep (open-gene
  82. '(      1 gaattccaga aaagaggtgg agaggggggg aataagaaag agagagaagg aaaggagaga
  83.        61 aggcaggaag aaggcaaggg acgagacaac catgctgtgc tgtatgagaa gaaccaaaca
  84.       121 ggttgaaaaa aatgatgacg accaaaagat tgaacaagat ggtatcaaac cagaagataa
  85.       181 agctcataag gccgcaacca aaattcaggc tagcttccgt ggacacataa caaggaaaaa
  86.       241 gctcaaagga gagaagaagg atgatgtcca agctgctgag gctgaagcta ataagaagga
  87.       301 tgaagcccct gttgccgatg gggtggagaa gaagggagaa ggcaccacta ctgccgaagc
  88.       361 agccccagcc actggctcca agcctgatga gcccggcaaa gcaggagaaa ctccttccga
  89.       421 ggagaagaag ggggagggtg atgctgccac agagcaggca gccccccagg ctcctgcatc
  90.       481 ctcagaggag aaggccggct cagctgagac agaaagtgcc actaaagctt ccactgataa
  91.       541 ctcgccgtcc tccaaggctg aagatgcccc agccaaggag gagcctaaac aagccgatgt
  92.       601 gcctgctgct gtcactgctg ctgctgccac cacccctgcc gcagaggatg ctgctgccaa
  93.       661 ggcaacagcc cagcctccaa cggagactgg ggagagcagc caagctgaag agaacataga
  94.       721 agctgtagat gaaaccaaac ctaaggaaag tgcccggcag gacgagggta aagaagagga
  95.       781 acctgaggct gaccaagaac atgcctgaac tctaagaaat ggctttccac atccccaccc
  96.       841 tcccctctcc tgagcctgtc tctccctacc ctcttctcag ctccactctg aagtcccttc
  97.       901 ctgtcctgct cacgtctgtg agtctgtcct ttcccaccca ctagccctct ttctctctgt
  98.       961 gtggcaaaca tttaaaaaaa aaaaaaaaaa gcaggaaaga tcccaagtca aacagtgtgg
  99.      1021 cttaaacatt ttttgtttct tggtgttgtt atggcaagtt tttggtaatg atgattcaat
  100.      1081 cattttggga aattcttgca ctgtatccaa gttatttgat ctggtgcgtg tggccctgtg
  101.      1141 ggagtccact ttcctctctc tctctctctc tgttccaagt gtgtgtgcaa tgttccgttc
  102.      1201 atctgaggag tccaaaatat tgagtgaatt c
  103. )))
  104.  
  105.  
  106. (def-orchestra 'orchestra
  107.    all-instruments (synth)
  108.    synth (synth1 synth2)
  109. )
  110.  
  111. ; change tonality 16 times in the whole piece
  112.  
  113. (setq all-zone-length (* (get-ratio '1/8-3) (length pep)))
  114. (setq zones 16)
  115. (setq zone-length (/ all-zone-length zones))
  116.  
  117. (def-section sect-a
  118.    default
  119.       zone (gen-repeat zones (list zone-length))
  120.       tonality (activate-tonality (diminished1 c 4)
  121.                                   (diminished2 d# 4)
  122.                                   (diminished1 c 4)
  123.                                   (augmented1 c 4))
  124.       length '(1/8-3)
  125.       velocity '(64)
  126.    synth1
  127.       symbol pep
  128.       channel 1
  129.    synth2
  130.       symbol (symbol-transpose 2 pep)
  131.       channel 2
  132. )
  133.  
  134. (def-tempo 120)
  135.  
  136. (play-file-p "rna1"
  137.    all-instruments '(sect-a)
  138. )
  139.  
  140.